Xavier Robin – Curriculum vitæ



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Je suis un chercheur, bioinformaticien et Professeur Assistant au labo du professeur Linding à Copenhague, Danemark.

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Expertise

Publications

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Expérience académique

2016 – présent, Université de Copenhague, Danemark
Professeur Assistant, Linding lab
2014 – 2016, Université de Copenhague, Danemark
Post-doc, Linding lab
2014, Technical University of Denmark
Post-doc, Linding lab
2013, Technical University of Denmark
Early Postdoc mobility fellowship from the Swiss National Science Foundation
Post-doc grant from the , Linding lab

Outils scientifiques

MIAPEGelDB
une interface web pour créer des documents respectant la recommandation MIAPE-gel-compliant
miapegeldb.expasy.org
pROC
un package pour R et S+ permettant de construire et analyser des courbes ROC
www.expasy.org/tools/pROC
PanelomiX
outil pour créer des panels de biomarqueurs optimaux
www.panelomix.net
DeepLearning
un package d’apprentissage profond pour R
Modèle d’apprentissage profond orienté objet. Les couches de type "Restricted Bolzman Machines" sont entraînées par "contrastive divergence", déroulées, et perfectionnées par gradient conjugué
github.com/xrobin/DeepLearning

Formation

2007 – 2012, Université de Genève
Thèse interdisciplinaire en sciences (bio-informatique)
2007 – 2007, Hôpitaux universitaires genevois
Stage de spécialisation
2005 – 2007, Université de Genève
Master en protéomique et bioinformatique (facultés de médecine et des sciences)
Stage à l'Institut Suisse de Bioinformatique « Tools for proteomic standards » (création d'une interface web pour documents MIAPE)
2002 – 2005, Université de Genève
Licence en Biologie (faculté des Sciences)
Monographie “A dual role for Ded1p helicase?”
1998 – 2002, Collège Voltaire
Maturité fédérale à options « de type scientifique »
« avec mention »
Prix Denise Lecoultre pour mon travail de maturité sur le prion
1993 – 2007, Conservatoire populaire de musique de Genève
Piano (certificat d'études musicales)
« avec mention »
1987 – 1998, Genève
Scolarité obligatoire à l'école du Lignon puis au C.O. du Renard, Vernier.

Presentations publiques

2009, Conférence UseR!, Rennes France
Combination of protein biomarkers
2010, Swiss Proteomics Society PhD students' symposium, Bâle
How to combine biomarkers?
2011, HUPO Annual World Congress, Genève
PanelomiX – a bioinformatic tool to build biomarker panels
2012, 9è Siena Meeting, Sienne, Italie
PanelomiX: a web-based tool to create panels of biomarkers based on thresholds

Posters

2007, Congrès de la société suisse de protéomique Society, Lausanne
MIAPEGelDB: a web-based submission tool and public repository for MIAPE gel electrophoresis documents
2008, 8th Siena meeting, Sienne, Italie
Comparison of statistical learning methods for biomarker combination
Swiss Proteomics Society Grant
2008, European BioAlpine Convention, Genève
Comparison of statistical learning methods for biomarker combination
Prix du meilleur poster dans la session “beyond discovery in proteomics”
2012, Integrative Network Biology 2012: Network Medicine, Helsingør, Danemark
pROC: an open-source package for R and S+ to analyze and compare ROC curves

Enseignement

2010, 2011, pour le master en protéomique et bioinformatique
Biomarker validation part 2: statistical analysis (2h)
Combination of biomarkers (2h)
2014, Bachelor in IT and Health, KU / DTU
Organisateur: Introduction to Systems Biology

Associations

Association du corps intermédiaire de médecine fondamentale
Membre du bureau et webmaster
www.unige.ch/medecine/acimf
Communauté Geckozone
Traduction d'extensions pour Firefox et webmaster
extensions.geckozone.org

Expérience extra-académique

Été 2005, Balexert
Vendeur rayon fruits et légumes, Migros
Été 2004, La Praille
Préparateur de commande à la centrale fruits et légumes de la Migros
Été 2003, La Praille
Magasinier à la Migros (CMR)
Été 2002, Moudon
École de recrue, sdt. d'hôpital (exploitation)
Stage d'une semaine au service de l'intendant de l'hôpital de Delémont

Autres information

Révision de manuscripts pour:
Journal of Proteomics
Biomarkers
The Open Proteomics Journal
Bioinformatics
Journal of Statistical Software
2012 – présent
Membre du bureau éditorial de Journal of Proteomics
Langues Maîtrisées
Français (langue maternelle)
Allemand (niveau scolaire)
Anglais (bon niveau)
Informations personnelles
Nationalité : Suisse (Genève)
Date de naissance : 9 janvier 1983
Origine : Lancy
Loisirs et intérêts
Lecture (Science fiction, fantastique, informatique)
Photo (macro)

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