Xavier Robin – Curriculum vitæ
Je suis un chercheur, bioinformaticien et Professeur Assistant au labo du professeur Linding à Copenhague, Danemark.
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Expertise
- Aprentissage profond (Deep Learning)
- Réseaux de signalisation cellulaire
- Analyse et intégration de données de spectrometrie de masse et séquencage (NGS: Exome et RNA-seq)
- Analyse de données (courbes ROC, biomarqueurs, apprentissage supervisé)
- Programmation en bio-informatique
- Bases de données SQL
- Développement web
Publications
Expérience académique
- 2016 – présent, Université de Copenhague, Danemark
- Professeur Assistant, Linding lab
- 2014 – 2016, Université de Copenhague, Danemark
- Post-doc, Linding lab
- 2014, Technical University of Denmark
- Post-doc, Linding lab
- 2013, Technical University of Denmark
- Early Postdoc mobility fellowship from the Swiss National Science Foundation
- Post-doc grant from the , Linding lab
Outils scientifiques
- MIAPEGelDB
- une interface web pour créer des documents respectant la recommandation MIAPE-gel-compliant
- miapegeldb.expasy.org
- pROC
- un package pour R et S+ permettant de construire et analyser des courbes ROC
- www.expasy.org/tools/pROC
- PanelomiX
- outil pour créer des panels de biomarqueurs optimaux
- www.panelomix.net
- DeepLearning
- un package d’apprentissage profond pour R
- Modèle d’apprentissage profond orienté objet. Les couches de type "Restricted Bolzman Machines" sont entraînées par "contrastive divergence", déroulées, et perfectionnées par gradient conjugué
- github.com/xrobin/DeepLearning
Formation
- 2007 – 2012, Université de Genève
- Thèse interdisciplinaire en sciences (bio-informatique)
- 2007 – 2007, Hôpitaux universitaires genevois
- Stage de spécialisation
- 2005 – 2007, Université de Genève
- Master en protéomique et bioinformatique (facultés de médecine et des sciences)
- Stage à l'Institut Suisse de Bioinformatique « Tools for proteomic standards » (création d'une interface web pour documents MIAPE)
- 2002 – 2005, Université de Genève
- Licence en Biologie (faculté des Sciences)
- Monographie “A dual role for Ded1p helicase?”
- 1998 – 2002, Collège Voltaire
- Maturité fédérale à options « de type scientifique »
- « avec mention »
- Prix Denise Lecoultre pour mon travail de maturité sur le prion
- 1993 – 2007, Conservatoire populaire de musique de Genève
- Piano (certificat d'études musicales)
- « avec mention »
- 1987 – 1998, Genève
- Scolarité obligatoire à l'école du Lignon puis au C.O. du Renard, Vernier.
Presentations publiques
- 2009, Conférence UseR!, Rennes France
- Combination of protein biomarkers
- 2010, Swiss Proteomics Society PhD students' symposium, Bâle
- How to combine biomarkers?
- 2011, HUPO Annual World Congress, Genève
- PanelomiX – a bioinformatic tool to build biomarker panels
- 2012, 9è Siena Meeting, Sienne, Italie
- PanelomiX: a web-based tool to create panels of biomarkers based on thresholds
Posters
- 2007, Congrès de la société suisse de protéomique Society, Lausanne
- MIAPEGelDB: a web-based submission tool and public repository for MIAPE gel electrophoresis documents
- 2008, 8th Siena meeting, Sienne, Italie
- Comparison of statistical learning methods for biomarker combination
- Swiss Proteomics Society Grant
- 2008, European BioAlpine Convention, Genève
- Comparison of statistical learning methods for biomarker combination
- Prix du meilleur poster dans la session “beyond discovery in proteomics”
- 2012, Integrative Network Biology 2012: Network Medicine, Helsingør, Danemark
- pROC: an open-source package for R and S+ to analyze and compare ROC curves
Enseignement
- 2010, 2011, pour le master en protéomique et bioinformatique
- Biomarker validation part 2: statistical analysis (2h)
- Combination of biomarkers (2h)
- 2014, Bachelor in IT and Health, KU / DTU
- Organisateur: Introduction to Systems Biology
Associations
- Association du corps intermédiaire de médecine fondamentale
- Membre du bureau et webmaster
- www.unige.ch/medecine/acimf
- Communauté Geckozone
- Traduction d'extensions pour Firefox et webmaster
- extensions.geckozone.org
Expérience extra-académique
- Été 2005, Balexert
- Vendeur rayon fruits et légumes, Migros
- Été 2004, La Praille
- Préparateur de commande à la centrale fruits et légumes de la Migros
- Été 2003, La Praille
- Magasinier à la Migros (CMR)
- Été 2002, Moudon
- École de recrue, sdt. d'hôpital (exploitation)
- Stage d'une semaine au service de l'intendant de l'hôpital de Delémont
Autres information
- Révision de manuscripts pour:
- Journal of Proteomics
- Biomarkers
- The Open Proteomics Journal
- Bioinformatics
- Journal of Statistical Software
- 2012 – présent
- Membre du bureau éditorial de Journal of Proteomics
- Langues Maîtrisées
- Français (langue maternelle)
- Allemand (niveau scolaire)
- Anglais (bon niveau)
- Informations personnelles
- Nationalité : Suisse (Genève)
- Date de naissance : 9 janvier 1983
- Origine : Lancy
- Loisirs et intérêts
- Lecture (Science fiction, fantastique, informatique)
- Photo (macro)